No início do século XVIII, a região de Capão Alto fazia parte dos campos de Lages, que, por sua vez, pertencia à província de São Paulo. A necessidade de se abrir caminhos para os campos do Rio Grande do Sul tinha a finalidade de estabelecer o comércio entre os fazendeiros gaúchos e o restante do país, principalmente São Paulo e Minas Gerais.

A primeira denominação, Campos das Lagens, ocorreu por volta de 1727, quando Francisco de Souza Faria, por ordem do governador de São Paulo, abriu a estrada dos conventos de Araranguá, encontrando na região uma enorme quantidade de gado que provavelmente pertencia aos padres espanhóis das missões.

A povoação da região de Capão Alto também se deu por bandeirantes paulistas, "gaúchos" e lagunenses.

Pela Lei n° 54 de 7 de janeiro de 1899, criava-se o distrito de Capão Alto, época da chegada na região, das primeiras famílias de imigrantes italianos, vindos do estado do Rio Grande do Sul. Em 29 de setembro de 1994, emancipou-se de Lages, tornando-se um município, através da Lei n° 9.697 (publicada em 30/09/1997). É sabido que muito antes disso, aqui viviam os nativos chamados de bugres.

O município de Capão Alto, por muitos anos, foi o maior distrito de Lages. Tem uma população de cerca de 3 mil habitantes, sendo 80% deles moradores da zona rural. A sede guarda ainda características de um povoado rural e a denominação de Capão Alto tem origem ligada a sua posição geográfica.

A localidade era apoio das rotas de tropeiros que levavam tropas ao litoral ou para o sul, estes foram se instalando e constituindo propriedades. Um povoado se formou ao redor de uma capela, transferida do antigo distrito de Campo Belo do Sul, e cresceu com a chegada de famílias do Rio Grande do Sul, atraídas pelas atividades econômicas como a agropecuária e a extração de madeira.

Da história passada de Lages, Capão Alto guarda bons exemplares das antigas fazendas, além de forte tradição no artesanato de lãs e couros. Também restam fortes elementos da tradição religiosa popular, como a da cerimônia da Recomenda das Almas, celebrada na Semana Santa.